1つの予約エンジンで複数の宿泊施設を表示することはできますか？

できません。BookingButtonでは1つの施設の料金と空室状況しか表示できません。複数の宿泊施設を管理している場合、各施設のBooking.comの管理画面からそれぞれBookingButtonに登録してください。